Apesar de sua qualificação, o trono foi ocupado por seu irmão, Ngola Mbandi, seguindo as tradições. Apesar das rivalidade entre os irmãos, Nzinga ocupou o posto de sua principal emissária. Em 1622, durante uma negociação em Luanda com o governador português João Correia de Sousa, ela se recusou a permanecer em pé por não lhe oferecerem uma cadeira. Para se colocar no mesmo nível do governante, ordenou que um de seus servos se ajoelhasse, sentando sobre suas costas, gesto que se tornou símbolo de sua autoridade.
Após a morte do irmão, Nzinga assumiu o poder e enfrentou diretamente o domínio português. Em 1624, firmou um tratado com Portugal que reconhecia temporariamente a soberania de Ndongo, garantindo a devolução de territórios e o fim de ataques militares. Embora tenha se convertido ao cristianismo como parte do acordo, sendo batizada como Ana de Sousa, os portugueses descumpriram o tratado pouco depois, retomando invasões e capturas. Diante disso, Nzinga reorganizou seu reino e buscou alianças estratégicas. Nos anos 1640, se aliou aos holandeses, que haviam ocupado Luanda, formando uma frente contra Portugal.