Apesar de sua importância, a proclamação da República em 1889 levou Rebouças ao exílio junto com a família imperial. Viveu em Lisboa, depois em Luanda e finalmente em Funchal, na Ilha da Madeira, onde faleceu em 1898. Seu legado, entretanto, está visível em todo o país: ruas, túneis e outras homenagens no Brasil levam seu nome. Em outubro de 2024, o presidente Lula sancionou a lei que inscreveu o nome de André no Livro dos Heróis e Heroínas da Pátria, reconhecendo não só sua contribuição técnica para a infraestrutura, saneamento e ferrovias, mas também sua luta incansável por justiça social e igualdade.